All’indomani della fine della sua funzione come edificio di spettacolo, nel corso del VI secolo d.C. l’Anfiteatro non cadde in abbandono, ma entrò in una nuova fase di vita assumendo connotazioni totalmente differenti.

Fino al X secolo la rioccupazione non ha testimonianze archeologiche che aiutino a capirne la dinamica. Quello che è noto è che, oltre alla nascita di aree adibite a sepolture nell’area circostante, all’interno dell’edificio iniziarono attività non autorizzate di recupero dei materiali. Dopo il terremoto dell’847 d.C. quello che restava del fronte meridionale già ampiamente fatiscente, cadde del tutto formando la cosiddetta coxa (cumulo di travertini). Da questo momento rimarranno in piedi, delle 80 arcate originarie esterne, solo 33 del versante settentrionale, ancora oggi l’unico a mantenere l’assetto strutturale originario mentre le due gallerie perimetrali più esterne meridionali sono interamente assenti.

Nel corso del X secolo l’Anfiteatro è possesso della vicina Chiesa di S. Maria Nova, ma i primi documenti di archivio che attestano locazioni da parte della chiesa  di locali e abitazioni all’interno del Colosseo sono datati tra l’XI e il XIII secolo.

Il Colosseo in questi anni brulicava di frequentatori, animali domestici, artigiani e locatari, dando vita a una nuova, interessante pagina della sua storia millenaria. Scavi archeologici e documenti di archivio a partire dall’XI secolo attestano il riutilizzo di molti ambienti dell’anfiteatro come strutture abitative (domus) o come cryptae.

Le cryptae erano ambienti ricavati all’interno di un cuneo, dotate di spazi comuni con le altre, come cortili, ma ognuna aveva un suo ingresso e una sua uscita autonome. Le cryptae potevano installarsi o nei sottoscala o lungo i corridoi di accesso agli ambulacri, verso lo spazio centrale dell’originaria area dell’arena. Le loro destinazioni di uso potevano essere polivalenti: magazzini, stalle per animali, deposito attrezzature, alloggio temporaneo e anche luogo di attività commerciali. Erano dotate di banconi in muratura intonacati alla meglio, focolari in pietra, mangiatoie e abbeveratoi, soppalchi in legno per la conservazione del fieno. Erano ubicate al primo ordine per agevolare il trasporto di animali e merci.

Le domus, a uno o due piani, in alcuni casi dovevano raggiungere dimensioni ragguardevoli, con portici e orti e potevano essere ubicate anche al secondo ordine.